Lower Decks é ambientado no universo Star Trek no ano 2380. A Terra, agora, é parte da Federação Unida dos Planetas, uma organização com várias espécies que comanda a galáxia. O time Starfleet, divisão de exploração e militarismo da Federação, opera uma série de naves espaciais que viajam por todo o universo estabelecendo contato com raças alienígenas. Lower Decks acompanha as aventuras da equipe de apoio que trabalha em uma das naves menos importantes da Frota Estelar.